Ninja Assassin ติดตามไรโซ่ (เรน) หนึ่งในบรรดานักฆ่ามือพระกาฬของโลก เขาถูกจับตัวไปตั้งแต่ยังเด็ก และถูกสร้างให้กลายเป็นนักฆ่ามืออาชีพโดย โอซูนุ แคลน (โช โกสุงิ) กับกลุ่มลับที่เชื่อกันว่ามีเพียงในเรื่องปรัมปรา แต่เขาถูกหลอนด้วยการที่แคลนสังหารเพื่อนของเขาอย่างโหดเหี้ยม ไรโซ่จึงหนีพวกเขาไปสู่อิสรภาพและหายตัวไป ตอนนี้เขารอคอย และเตรียมที่จะลงมือแก้แค้น