Sonic, Knuckles และ Tails รวมตัวกับ Shadow ซึ่งเป็นศัตรูตัวใหม่ที่ทรงพลังซึ่งมีพลังลึกลับไม่เหมือนสิ่งที่พวกเขาเคยเผชิญมาก่อน ด้วยความสามารถของพวกเขาเหนือกว่า Team Sonic ต้องค้นหาพันธมิตรที่ไม่น่าเป็นไปได้